В 1793 г. недалеко от берега Кубани, где протекал ее приток Карасун, в районе нынешней краевой клинической больницы, казаки построили небольшую крепость. Спустя год рядом с укреплением стал строиться город Екатеринодар — административный центр
войска черноморских казаков. Тогда в городе имелось 9 домов, 75 хат, построенных «на верси» (на земле) и 154 землянки. Среди населения насчитывалось 53 казачьих старшины и офицера, 27 «делающих шевство» (сапожников), 19 «делающих кравство» (портных), 5 ткачей, 11 плотников, 7 кузнецов, 36 пекарей, 1 золотарь, 2 иконописца, 2 музыканта, 71 «производящих хлебопашество» и 22 «промышляющих разно». Перечень показывает неоднородность состава казачества. Беднота впервые поднялась против эксплуататорской верхушки в 1797 г., после возвращения в Екатеринодар из дальнего похода на Персию двух казачьих полков. Когда прибывшие узнали, что начальство присвоило их скарб и не выдает жалованья, следуемого за участие в походе, то подняли восстание, которое вскоре было жестоко подавлено. В нем участвовали и многие жители.
Население города росло очень медленно. Это объяснялось не только постоянной военной опасностью, угрожавшей пограничному городу, но и запрещением селиться в нем лицам, не принадлежавшим к казачьему сословию. Многие десятилетия Екатеринодар напоминал глухую станицу. В середине прошлого века один современник писал: «Едва только — смеркнется, как у всех ставни уже закрыты… Нигде не увидите огня… По улицам летом стоит пыль, а тротуары так узки, что одному только человеку пройти». Другой автор указывал: «В этом отставшем от современного значения граде насчитывается до 2000 хат, изваянных из глины… и покрытых камышом и соломой. Хаты стоят…. в таких положениях, как будто им скомандовали „Вольно, ребята“: они стоят лицом, и спиной, и боком на улицу… Эти улицы, кроме дарового света луны, когда она есть, не знают другого освещения».
Являясь центром казачьего войска, Екатеринодар долгие годы был войсковым городом и крепостью. С северной стороны высился земляной вал, насыпанный в границах нынешней
улицы К. Цеткин. На улицу Красную выходили крепостные ворота, которые на ночь запирались. От современной улицы Тельмана и дальше, по правому берегу реки, через казачьи кордоны, шла накатанная военная дорога <Ставропольский шлях>. По ней ехал сосланный на Кавказ декабрист А. Бестужев-Марлинский, путешествовал А.С. Пушкин, проезжал на Тамань М.Ю. Лермонтов.
Прикубанье являлось мостом, экономически соединявшим Россию с горскими племенами, и для регулирования торговли с ними царское правительство организовало ряд меновых дворов. Такой двор был и в Екатеринодаре. В 1860 г. была образована Кубанская область, а Черноморское войско переименовано в Кубанское. Вслед за отменой крепостного права и вступлением России на путь капиталистического развития город стал превращаться в торгово-промышленный центр. В 1867 г. Екатеринодар был преобразован из войскового города в гражданский. Не пожелав перейти в мещанское или купеческое сословие, более 800 семей казаков переселились в ближайшие станицы.
В 1869 г. начала заселяться окраина города за железнодорожным виадуком (около
горпарка). Земля продавалась дешево (от 6 до 24 коп. за одну квадратную сажень), и ее быстро приобретала беднота, главным образом, крестьяне. Екатеринодар к этому времени стал одним из рынков, где обездоленные предлагали свой труд. Огромное значение для развития города имело строительство железных дорог. В 1875 г. вступила в эксплуатацию Владикавказская дорога, связавшая Ростов с Закавказьем. Спустя 12 лето от Тихорецкая протянулись рельсы сначала до Екатеринодара, а затем и до Новороссийска. К 1901 г. Екатеринодар соединился железной дорогой со станцией Кавказской. В годы первой мировой войны закончилось строительство дорог от Екатеринодара до Приморско-Ахтарской. Уже в конце прошлого века Екатеринодар являлся крупным железнодорожным узлом, через который направлялись различные грузы в Новороссийский порт, а оттуда за границу.
Развитие сельскохозяйственных производств вызвало создание в Екатеринодаре ряда отраслей пищевой промышленности — маслобойной, мукомольной, рыбной… В 1903 г. в городе имелось около 70 различных мелких предприятий и мастерских, в том числе 3
чугунолитейных, 3 маслобойных, 8 кожевенных, свыше 20 кирпичных, 7 мельничных и т. д. На них работало 1875 человек, а вместе с железнодорожниками трудилось около 3000 рабочих. Население города быстро увеличивалось. Если в 1871 г. здесь жило 17 522 человека, то в 1890 г. — 66 808, а 20 лет спустя — 95 168 жителей. В последнем предреволюционном году население Екатеринодара составляло 108 275 человек.
В ходе Гражданской войны Екатеринодар неоднократно переходил из рук в руки, долгое время оставаясь оплотом белого движения на Северном кавказе.
До 1920 город назывался Екатеринодар в честь императрицы Екатерины II, был переименован в Краснодар.